Zawahiri memainkan peran besar dalam operasi kelompok Alqaeda. Zawhiri dan Osama bin Laden merencanakan serangan 9/11. Foto-foto saat itu sering menunjukkan bahwa Zawahiri selalu berada di samping Osama bin Laden. Zawahiri telah menggabungkan kelompok militannya di Mesir dengan Alqaeda pada 1990-an.
“Kontingen kuat warga Mesir ini menerapkan pengetahuan organisasi, keahlian keuangan, dan pengalaman militer untuk mengobarkan jihad kekerasan melawan para pemimpin yang dianggap tidak Islami oleh para pejuang dan pelindung mereka, terutama Amerika Serikat,” tulis Steven A. Cook untuk Dewan Hubungan Luar Negeri tahun lalu.
Ketika invasi AS ke Afghanistan pafa 2001 menghancurkan tempat persembunyian Alqaeda, Zawahiri memastikan kelangsungan eksistensi kelompok itu. Dia membangun kembali kepemimpinannya di wilayah perbatasan Afghanistan-Pakistan dan menempatkan sekutu di posisi kunci. Dia juga membentuk kembali organisasi dari perencana serangan teror yang terpusat menjadi kelompok-kelompok kecil yang terafiliasi.
Zawahiri memimpin perakitan jaringan cabang di seluruh wilayah, termasuk di Irak, Arab Saudi, Afrika Utara, Somalia, Yaman dan Asia. Selama dekade berikutnya, Alqaeda memiliki andil langsung dalam serangan di semua wilayah tersebut serta Eropa, Pakistan dan Turki, termasuk pemboman kereta pada 2004 di Madrid dan pemboman pada 2005 di London.
Belum lama ini kelompok afiliasi Alqaeda di Yaman membuktikan dirinya mampu merencanakan serangan terhadap wilayah AS dengan upaya pengeboman terhadap jet penumpang Amerika pada 2009. Termasuk upaya pengeboman tahun berikutnya.