Virus Nipah pertama kali diidentifikasi pada tahun 1999 saat terjadi wabah penyakit di antara para peternak babi dan orang-orang yang melakukan kontak dekat dengan hewan-hewan tersebut di Malaysia dan Singapura. Wabah ini bersifat sporadis dan infeksi sebelumnya di Asia Selatan telah terjadi ketika orang-orang meminum getah kurma yang terkontaminasi kotoran kelelawar.
Desa asal korban pertama, Maruthonkara, terletak di dekat hutan seluas 300 hektar yang merupakan rumah bagi beberapa spesies kelelawar. Selama wabah Nipah tahun 2018, kelelawar buah dari daerah yang sama dites positif terkena virus.
Pada wabah Nipah pertama di Kerala, 21 dari 23 orang yang terinfeksi meninggal dunia. Wabah pada tahun 2019 dan 2021 menewaskan dua orang. Negara bagian tetangga, Tamil Nadu, mengumumkan bahwa para pelancong yang datang dari Kerala akan menjalani tes kesehatan dan mereka yang memiliki gejala flu akan diisolasi.