Peres memiliki peran penting dalam rezim militer Israel, khususnya pada 1966, saat pihak berwenang melakukan pencurian tanah dan perpindahan warga ke wilayah yang bukan kekuasaan mereka. Salah satu peraturan yang diterapkan olehnya juga membuat tanah-tanah yang dimiliki Palestina dijadikan zona militer tertutup Israel. Aturan itu dibanggakan oleh Peres sebagai langkah untuk melanjutkan perjuangan permukiman Yahudi dan imigrasi etnis tersebut.

Pada 2005, sebagai wakil perdana menteri Ariel Sharon, Peres memperbaharui serangan terhadap Palestina. Ia mendorong warga Israel untuk pindah ke Galilea dan rencana pembangunan tertutup untuk sekitar 104 komunitas, yang kebanyakan berasal dari etnis Yahudi.

Ikuti Whatsapp Channel Republika