Nama Raisi lekat dengan eksekusi massal tahanan politik Iran pada 1988. Namanya muncul karena kala itu dia merupakan anggota terkemuka dari apa yang disebut "komite kematian". Komite bentukan Ruhollah, pemimpin tertinggi Iran pada era tersebut, berisi sekelompok pejabat peradilan dan intelijen Iran. Sementara, Khomeini bertugas mengawasi eksekusi massal ribuan tapol saat itu.
Sebagian besar korban adalah aktivis sayap kiri dan anggota kelompok pemberontak Mojahedin-e-Khalq (MEK). Kelompok HAM memperkirakan sebanyak 5.000 orang dieksekusi kala itu. Sementara, MEK mengeklaim, jumlah korban mencapai 30 ribu jiwa.
Iran tidak sepenuhnya mengakui eksekusi tersebut. Raisi sendiri tak pernah secara terbuka membahas tuduhan terhadapnya. Pada 2019, Amerika Serikat (AS) menjatuhkan sanksi kepada Raisi atas pelanggaran HAM, termasuk keterlibatannya dalam eksekusi tapol pada dekade 80-an.